يستعمل هذا البرنامج في الجامعة والمستوى الثانوي لشرح البنية الفراغية للبروتينات و فهم العلاقة بين بنية البروتين ووظيفته على مستوى العضوية
ويختص بـ :
صورة البرنامج :ويختص بـ :
- عرض البنية الفراغية للجزيئات على الشاشة (بروتينات ، أحماض نووية ......) وتحديد وضعيتها في الفراغ
- تغيير عرض الجزيئة باستعمال أزرار العرض من النافذة الرئيسية .
- عرض عدة جزيئات على نفس النافذة .
- لتعرف على تركيب وخصائص البروتينات .
- يعرض جميع ملفات البروتينات التي تكون على شكل ملف PDB .
نبدأ بالتحميل على بركة الله:
رابط الموقع الرسمي:
http://www.geneinfinity.org/rastop/
رابط تحميل الاصدار الاخير :
http://sourceforge.net/projects/rastop/files/latest/download
فيديو عن البرنامج :
[BBvideo]https://www.youtube.com/watch?v=XKLBvA38jaw[/BBvideo]
I
1- افتح برنامج RasTop الموجود على سطح المكتب.
2- على الواجهة الرئيسية للبرنامج يظهر شريط القوائم ، شريط الأدوات و نافذة العرض.
يحوي شريط القوائم على مجموعة من النوافذ منها.
Fichier : نجد فيه ouvrir لفتح ملفات البروتينات ، ferme لغلقها....
Edite : يحوي على copie، sélectionner ، commande ....
Molecule : يحوي على information ، sequence
3- على مستوى نافذة commande يمكن كتابة جملة من الأوامر من أجل تحديد بعض الخصائص. من بين هذه الأوامر:
الأمر Select II- العمل التطبيقي:
1. افتح الملف 1 : ماذا يمثل هذا الجزيء ، تعرف على تركيبه الكميائي حسب الألوان، تعرف المجموعات الوظيفية فيه؟
2. افتح الملف 2 : ماذا يمثل هذا الجزيء ، تعرف على نموذج شكله الفراغي .
3. افتح الملف 3 : حدد عدد الأحماض أ ، حدد عدد وموضع الروابط الببتيدية.
4. افتح الملف4 : غير نمط العرض ، ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه ، حدد عدد الأحماض أ وتوضع الروابط الهدروجينية فيه و توضع السلاسل الجانبية. ماذا تستنتج ، ولماذا.
5. افتح الملف 5 : غير نمط العرض: ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه وطريقة توضعه.
6. افتح الملف 6 : غير نمط العرض، ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه وطريقة توضعه، حدد توضع الروابط الهدروجينية فيه، حدد الأحماض الأمنية المتواجدة في نقطة الانعطاف، ماذا تستنتج، حدد توضع الروابط الهدروجينية فيه.
7. افتح الملف 7 : غير نمط عرض هذا الجزيء ذو البنية الثانوية ( حلزون
يتبع ..
